一、检查部门
除了之前提过的高企认定主管部门：科技、财政、税务部门局组成的全国高新技术企业认定管理工作领导认定小组。还有环保、质量/安监、审计等相关部门。
二、检查要点
1.科技部门
（1）技术领域是否属于管理办法或工作指引中的领域
（2）专利权属及专利时效确认
（3）主要产品（服务）收入占高新收入比例是否超过50％
（4）申报前后各期数据对比及与高新年报数据对比
（5）申报材料各项指标核对
2.财政部门
（1）每年定期对承担高企审计的事务所进行底稿等风险检查，并抽选部分企业进行延伸检查
（2）会计师事务所行业协会自律检查。
3.税务部门
（1）申报材料与税务申报数据是否有冲突
（2）高企认定税收优惠备案检查
（3）研发费用加计扣除备案检查
（4）其他相关税务检查
4.环保部门
（1）是否存在环评风险
（2）是否存在严重环境违法行为
5.质量/安监部门
是否存在重大质量、重大安全事故
6.审计部门
（1）针对行政公职人员渎职、受贿等违法行为的延伸检查
（2）国有企业自身的定期审计检查
企业备查资料：
1.知识产权证书
2.科技成果转化证明材料
3.研发活动证明材料
4.研发费用明细账及相关凭证
5.高新收入证明材料
6.科技人员证明材料
7.产学研合作证明材料
8.检查部门要求的其他资料
高新技术企业税收优惠资格有效期为三年，许多企业重视申报，忽视资格维持，从而带来潜在的税务风险。
所以，企业不仅要重视认定时资料的准备，更应当注重资格维持，为期满后重新认定及后续可能面临的检查做好充分准备。
